Pracownia Witrażu na Wydziale Sztuk Pięknych Uniwersytetu Mikołaja Kopernika powstała w 1949 roku. Przyczynił się do tego wybitny toruński witrażysta Edward Kwiatkowski autor pierwszego powojenny witrażu dla katedry śśw. Janów. Edward Kwiatkowski był nie tylko projektantem i twórcą witraży, ale również wybitnym specjalistą w dziedzinie konserwacji witrażu.
Przez jego ręce przeszły niemal wszystkie ważniejsze zespoły zabytkowych witraży w Polsce.
Założona i prowadzona przez Edwarda Kwiatkowskiego Pracownia Witraży na Wydziale Sztuk Pięknych UMK szybko stała się ważnym ośrodkiem kształcenia witrażystów. Jej pozycja była tak silna, że pomimo śmierci mistrza w 1971 roku, pracownia w dalszym ciągu cieszyła się uznaniem i w dalszym ciągu kształci adeptów tej trudnej sztuki. Warto dodać, że do chwili obecnej w pracowni tej pobierało naukę ponad 300 studentów. Wielu z nich założyło własne pracownie i kształtuje obraz współczesnego polskiego witrażownictwa.
Po śmierci Edwarda Kwiatkowskiego pracownią kierował do 1985 Konstanty Łyskowski. Ważną rolę w tym przełomowym okresie odegrała córka Edwarda Kwiatkowskiego, Maria Kruszczewska, która pracowała w pracowni do 2013 roku, będąc mocnym filarem pracowni i prawdziwą skarbnicą wiedzy na temat technik i technologii witrażu klasycznego.
Od roku 1985 pracownię witrażu na Wydziale Sztuk Pięknych UMK prowadzi jej absolwent – obecnie dr hab. Andrzej Kałucki prof. UMK Wówczas młody grafik i witrażysta, stanął przed trudnym zadaniem zmierzenia się z potrzebami i wymaganiami studentów - przyszłych artystów i konserwatorów. Wprowadził wiele innowacji i rozszerzył ofertę kształcenia o nowe formy realizacji wychodzące poza obręb tradycyjnego pojmowania witrażu popularyzując m.in. technikę fusingu.
W roku 2000 do zespołu pracowni dołączył prof. Kazimierz Rochecki. Ukształtowało to w naturalny sposób dwie drogi zdobywania wiedzy i kształcenia artystycznego: poszukiwanie nowej artystycznej formy przez technologiczne eksperymenty, które preferuje prof. A. Kałucki i kreowanie własnych form wyrazu artystycznego w ramach klasycznych technik witrażowniczych, których zwolennikiem jest prof. K. Rochecki. Te dwie wyraziste postawy uczyniły z uniwersyteckiej pracowni witrażu atrakcyjną placówkę kształcącą w dziedzinie witrażu artystycznego na poziomie wyższym. Od roku 2012 staraniem prof. Kazimierza Rocheckiego, który szczegółowo opracował koncepcję pracowni i plany adaptacyjne, linie technologiczne, bezpieczne stanowiska pracy i logistykę inwestycyjną – pracownia uzyskała nowe przyjazne przestrzenie, bezpieczne stanowiska pracy, a także wzbogaciła się o nową infrastrukturę technologiczną i ciągi technologiczne, stając się tym samym pracownią posiadającą odpowiednie warunki do uruchomienia specjalności i pracowni dyplomowych. Pracownia wówczas stała się jedyną w kraju placówką uniwersytecką i prawdopodobnie na świecie, w której realizuje się dyplomy w sensu stricte z witrażu klasycznego.
Pracownia witrażu posiada także własną galerię, „Na Antresoli” w której prezentowane są dyplomy, doktoraty, otwarcia przewodów oraz wystawy twórców spoza uczelni (szczegóły w zakładce galerii).